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第二次青藏高原综合科学考察研究围绕青藏高原地球系统变化及其影响这一关键科学问题，聚焦隆升后的西风-季风协同作用、亚洲水塔变化与影响、生态系统与生物多样性变化、人类活动对环境影响与适应、灾害风险与应对等问题，重点考察研究过去50年来环境变化的过程与机制及其对人类社会的影响，提出战略资源远景评估和绿色发展途径科学方案，进行综合科学观测和灾害预警示范，构建保障亚洲水塔与生态屏障安全的青藏高原环境变化应对科学工程。

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